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天然药物提取液中常含有极性不问的各种化学成分，系统溶剂分离法就是根据它们在不同极性溶剂中溶解度的差异，选用3~4种不同极性的溶剂组成溶剂系统，由低极性到高极性分步对浓缩后的总提取物进行初步分离。
水浸膏或乙醇浸膏常常为胶状物，难以均匀分散在低极性溶剂中，故不能提取完全，可拌入适量惰性填充剂，如硅藻土或纤维粉等，然后低温或自然干燥，粉碎后，再以选用溶剂依次提取，使总提取物中各组成成分，依其在不同极性溶剂中溶解度的差异而得到分离。例如粉防己乙醇浸膏，碱化后可利用乙mi溶出溶性生物碱，再以冷苯处理溶出粉防己碱，与其结构类似的防己诺林碱比前者少—个甲基而有一酚羧基，不溶于冷苯而得以分离。利用中草药化学成分在不同极性溶剂中的溶解度进行分离纯化，是最常用的方法。
在中草药提取溶液中加入另一种溶剂，析出其中某种或某些成分，或析出其杂质，也是一种溶剂分离的方法。中草药的水提液中常含有树胶、黏液质、蛋白质、糊化淀粉等，可以加入一定量的乙醇，使这些不溶于乙醇的成分自溶液中沉淀析出，而达到与其他成分分离的目的。例如从中草药提取液中除去这些杂质，如从白及水提取液中获得白及胶，可采用加乙醇沉淀法；从新鲜括楼根汁中提取天花粉素，可滴入丙酮使其分次沉淀析出。目前，提取多糖及多肽类化合物，多采用水溶解、浓缩、加乙醇或丙酮析出的办法。此外，也可利用其某些成分能在酸或碱中溶解，又在加碱或加酸改变溶液的PH后，使成不溶物而析出以达到分离的目的。
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